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弹性高性能计算使用实践-使用VASP软件做分子动力学模拟

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弹性高性能计算使用实践-使用VASP软件做分子动力学模拟


天翼云弹性高性能计算支持使用VASP软件做分子动力学模拟,本文为您介绍该应用场景下的操作步骤。

背景信息

VASP全称(Vienna Ab-initio Simulation Package),VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的软件之一。

准备工作



  • 需要安装的软件:Intel OneAPI 2022、VASP 5.4.4。

操作步骤

1.登录EHPC集群,安装VASP 5.4.4。

# 加载 intel OneAPI 环境变量;
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
# 进入vasp安装包目录
cd /opt/vasp.5.4.4
# 准备编译配置文件
cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include
# 根据需要,选择编译的模块 std表示标准模块,all编译所有模块
make std复制

编译完成后,会生成对应的应用程序可执行文件:

2.作业提交

准备测试文件,将vasp_std拷贝到作业目录下,使用hpcuser用户提交任务:

创建slurm脚本 submit.sh,使用2台节点,每节点使用16核:

#!/bin/bash
#SBATCH -J VASPtest
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=16
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
mpirun ./vasp_std复制

提交任务:提交后会生成作业ID。


使用scontrol show job JOBID 命令,可查看作业运行状态;

使用scancel JOBID 命令,可以终止作业。



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