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弹性高性能计算使用实践-使用VASP软件做分子动力学模拟

天翼云弹性高性能计算支持使用VASP软件做分子动力学模拟，本文为您介绍该应用场景下的操作步骤。

背景信息

VASP全称（Vienna Ab-initio Simulation Package），VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的软件之一。

准备工作

• 创建EHPC集群，具体操作，请见“创建集群”。

• 创建集群用户，具体操作，请见“创建用户”。
  

• 需要安装的软件：Intel OneAPI 2022、VASP 5.4.4。

操作步骤

1.登录EHPC集群，安装VASP 5.4.4。

# 加载 intel OneAPI 环境变量；
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
# 进入vasp安装包目录
cd /opt/vasp.5.4.4
# 准备编译配置文件
cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include
# 根据需要，选择编译的模块 std表示标准模块，all编译所有模块
make std复制

编译完成后，会生成对应的应用程序可执行文件：

2.作业提交

准备测试文件，将vasp_std拷贝到作业目录下，使用hpcuser用户提交任务：

创建slurm脚本 submit.sh，使用2台节点，每节点使用16核：

#!/bin/bash
#SBATCH -J VASPtest
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=16
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
mpirun ./vasp_std复制

提交任务：提交后会生成作业ID。

使用scontrol show job JOBID 命令，可查看作业运行状态；

使用scancel JOBID 命令，可以终止作业。